第三届理事会设理事长1人，副理事长2人。理事会成员由国际合作局、前沿科学与教育局、条件保障与财务局、科技促进发展局、重大科技任务局、依托单位和主要参建单位的领导组成，理事会的主要职责是审议中心的重大事项，听取工作汇报。理事会每年召开一次会议。